小米9Pro预装的是MIUI11系统，而且还是首发搭载了此系统的手机，小爱语音同学将升级至最新的3.0（新增男生版和连续对话等功能），全新的设计语言，全新的字体系统，整体运行也是非常流畅。除此之外，小米9 Pro的NFC功能也是更加丰富，不仅支持公交卡、银行卡、门禁卡三大基础功能，还支持eID电子身份证和车钥匙（车型要求）功能。
小米9 Pro正面采用专业级“原色屏”，6.39英寸Amoled材质，90.7%屏占比，搭载“原色屏颜色管理系统”，可以更准确的转换色彩空间，减少颜色误差，屏幕经过中国计量科学研究院检测，据称每块小米9 Pro 屏幕出厂前都会经过专业校色仪逐块色准校对，确保统一显示。
