2013年1月16日，德甲豪门拜仁慕尼黑在其官网上宣布，前巴萨主教练瓜迪奥拉将从2013-14赛季正式担任球队主教练。
2013年7月21日，瓜迪奥拉率领的拜仁慕尼黑队以5比1战胜门兴格拉德巴赫队，夺得冠军，捧得德国电信杯。
2013年07月25日，瓜迪奥拉率领拜仁2-0击败巴塞罗那，夺得赫内斯杯冠军。
2013年08月03日，瓜迪奥拉率领拜仁2-1战胜曼城获得奥迪杯冠军。
2013年8月31日，瓜迪奥拉率领拜仁与切尔西120分钟战成2-2，比赛进入点球大战。在点球大战中，拜仁5罚全中夺得2013年的欧洲超级杯冠军。
2013年12月22日，瓜迪奥拉率领拜仁击败东道主卡萨布兰卡，夺得第10届世俱杯冠军。
2014年5月10日21时30分（德国当地时间15时30分），德甲末轮所有场次同时开球。拜仁主场1-0胜斯图加特，老将皮萨罗替补出场压哨绝杀，瓜迪奥拉率领拜仁夺得2013-14赛季德甲联赛的冠军。
2014年5月18日2时（德国当地时间17日20时），瓜迪奥拉率领拜仁2-0力挫多特蒙德获得德国杯冠军，创造17次夺冠纪录，成为国内联赛和杯赛“双冠王”。
2014-2015赛季，瓜帅的拜仁依旧在德甲展现出统治力，提前四轮夺冠，积分为79分，领先第二名沃尔夫斯堡10分。不过，在欧冠半决赛，面对老东家巴萨，拜仁客场0-3，主场3-2，又一次无缘决赛。
2015年12月20日晚，拜仁慕尼黑官方宣布，球队现任主帅瓜迪奥拉将不会同俱乐部续约，在2015-2016赛季结束后将卸任。
拜仁俱乐部主席鲁梅尼格表达了对瓜迪奥拉的感谢，“我们对于瓜迪奥拉自从2013年以来，为俱乐部所做的一切表示感谢。我很确信，佩普和我们的球队，从现在起将会更加专注，以求实现竞技体育上的目标，因为现在一切很清楚了，佩普将会离开拜仁。
2015-2016赛季，拜仁在三线作战中都感受到了不小的压力，德甲直到倒数第二轮才锁定冠军，欧冠半决赛对阵马德里竞技，客场0-1，主场2-1的结果，又让他们因客场进球少遗憾出局。该赛季拜仁还夺得了德国杯冠军。
在拜仁的三年，瓜迪奥拉让拜仁稳定了在德甲的霸权，实现了史无前例的德甲四连冠，但拜仁请他来的最大目标却没有实现。在瓜迪奥拉到来之前，拜仁曾四年之内三次杀入欧冠决赛，并且一次称雄；在他到来之后，拜仁连续三年都倒在了半决赛。
