一个朋友的系统生物学选修课要讲Circos的使用，所以就下载安装使用了一下。嗯，这里讲下使用和遇到的问题，仅供参考。
一、下载安装软件包1.strawberry perl
因为Circos软件是依赖perl语言编译环境的，但是windows环境下默认是没有perl的，所以需要先安装perl编译环境才能正常运行Circos。
(1).下载perl软件地址：。然后选择download菜单。
(2).进入download菜单页面，会有三种操作系统的下载文件，我们选择windows，推荐下载strawberry perl这个版本。
(3).点击链接，会跳转到另一个下载页面，这时要根据自己机器是32位还是64位选择下载正确版本。
(4).运行.msi文件，然后在控制台cmd中输入测试命令：perl -v，如果能正确输出版本信息，说明安装成功。
2.Circos
(1).访问，选择software菜单。
(2).选择子菜单，download菜单。
(3).进入download有比较多版本可以选择，而且也有一些辅助软件，可以只选择最新版本下载。这个是压缩文件，解压即可使用不需要安装。
3.必要模块
要能正常运行Circos，还依赖一些必要的模块，这里列出的是基本模块，如果运行例程时提示miss the Perl module ***，就需要自己手动下载缺失的模块。如下图错误就是缺失了必要的模块Statistics::Basic，需要下载。
(1).访问，在search里面输入你缺失的模块名称，然后search。
(2).选择第一个搜索结果。
(3).下载这个模块。这是一个待解压的文件，需要解压两次，然后我们找到这里面的所有的.pm文件，一般来说都在根目录和lib中，但是也有例外，比方说Statistics::Basic这个模块就在Basic文件夹下，这也是为什么用strawberry perl的cpan控制台使用get、make、instal命令下载安装了这个模块，但是运行还是提示缺失这个模块的原因。
(4).把模块的.pm文件放到Circos的lib文件夹中。需要注意的是，类似上面的Statistics::Basic要现在lib文件夹中先创建一个文件夹Statistics，然后再把Basic的.pm文件拷到Statistics文件夹中。重复1-4步操作，把其他基本模块下载下来，然后拷贝到lib文件夹下，如下图目录所示。
4.小结
总的来说，完成上面的步骤还是要花蛮长时间的，前人栽树后人乘凉，所以我把所有的东西都下载好了，然后打包，可以直接在这个地址下载：
二、Circos使用1.自带例程使用
Circos这个压缩文件里面自带了一个例程工程，我们可以用这个例程来测试是否能够正常出图。
(1).打开控制台cmd，跳转到我们的Circos根目录，如这里就是circos-0.67-7这个根目录。根据自己解压位置，用cd命令来跳转到根目录即可。
想像力比知识更重要
