以下安装方法是根据分子模拟论坛网友的一些以前的帖子，进行了综合与总结，只要操作正确100%可以安装并测试成功。考虑到Amber11一般要安装在集群上使用，所以安装时采用intel的编译器，Openmpi并行器。Amber11软件需要购买获得使用license，AmberTools可以到免费下载。
安装环境：Dell Precision Workstation T3400 à Q9550 8G ECC à Geforce GTX 560ti (2GB)CentOS 6.2 X86-64 à Intel Compilers(iforc, icc, iMKL) à Openmpi-1.4.3CUDA Toolkit 4.0
1.安装intel compilers 从intel官方网站上下载非商业版本的intel C++ compiler (icc) and intel fortran compiler (ifort) 当前的版本为2011.6.233,同时会获得一个非商业的licenses (one year available)，会发到你申请时填写的email中)。下载地址：解压，进入解压后的目录，进行安装：cd /home/soft/l_fcompxe_2011.6.233./install.sh#激活产品选项时选择”Use a license file”#安装选项中不需要的部分如Intel Debugger等可以去掉，但里面intel MKL应保留。#用相同的方法安装icc (l_ccompxe_2011.6.233), 同样安装选项中只选择Intel C++ Compiler, #为intel设置环境变量 gedit .bashrcsource /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64export MKL_HOME=/opt/intel/mkl
2. 安装 nVidia toolkit# 到Nvidia网站上下载”CUDA Toolkit 4.0″ (CUDA Toolkit for RedHat Enterprise Linux 6.0)下载地址： 并安装./cudatoolkit_4.0.17_linux_64_rhel6.0.run#为CUDA设置环境变量 gedit .bashrcexport PATH=$PATH:/usr/local/cuda/binexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/libexport CUDA_HOME=/usr/local/cuda
3. 解压Amber与AmberTools#首先为Amber11设置环境变量 gedit .bashrcexport AMBERHOME=/home/soft/amber11export PATH=$PATH:/home/soft/amber11/binexport DO_PARALLEL=”mpirun -np 4″#解压Amber11.tar.bz2到目录：/home/soft/amber11, 再解压 AmberTools-1.5.tar.bz2到相同的目录：/home/soft/amber11 (全部替换), #集成自 l_fcompxe_2011.6.233里的intel MKL，安装时Amber时会有个错误提示，所以在进行AmberTools安装前要改一下/home/soft/amber11/AmberTools/src/configure文件,查找 “em64t” ： mkll=”$MKL_HOME/lib/em64t”. 将em64t换成”intel64″.
4. 为Amber11和AmberTools打补丁#为AmberTools打补丁：到Amber网站上下载 “bugfix.all” for AmberTools1.5, 放在AMBERHOME目录下。下载地址：cd $AMBERHOMEpatch -p0 -N < bugfix.all#为Amber11打补丁：到Amber网站上下载bugfix package of Amber11和apply_bugfix.x，下载地址：chmod 700 apply_bugfix.x./apply_bugfix.x bugfix.1to17.tar.bz2
5. 安装串行的AmberTools 1.5cd /home/soft/amber11/AmberTools/src./configure intelmake serial#这一步大约要10多分钟，，比较耗时时间。测试一下cd ../testmake test#检查一下check.diff 文件看看有无错误出现，该文件位于：(/home/soft/amber11/AmberTools/test/logs/test_at_serial)
6. 安装串行的 Amber11cd /home/soft/amber11./AT15_Amber11.pycd srcmake serial#测试方法：cd /home/soft/amber11/testmake test#同样在/home/soft/amber11/test/logs/test_amber_serial目录下你可以找到check.diff文件
7. 安装CUDA加速的PMEMD# 目前Amber11中，只有PMEMD支持CUDA加速cd /home/soft/amber11/AmberTools/srcmake clean./configure -cuda intelcd /home/soft/amber11/./AT15_Amber11.pycd srcmake cleanmake cuda#测试方法：cd /home/soft/amber11/test/./test_amber_cuda.sh同样在/home/soft/amber11/test/logs/test_amber_cuda目录里有log文件。
8. Install openmpi-1.4.3 within AmberTools#下载openmpi-1.4.3.tar.bz2（）# cp openmpi-1.4.3.tar.bz2 AmberTools/src
tar -zxvf openmpi-1.4.3.tar.bz2./configure_openmpi intel#添加openmpi的环境变量export MPI_HOME=$AMBERHOME/AmberToolsexport PATH=$AMBERHOME/AmberTools/exe:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=$AMBERHOME/AmberTools/lib:$LD_LIBRARY_PATH#这时，openmpi还是不能生效，利用which mpirun发现intel里集成了mpir，所以将intel集成的mpi目录改一个名子，让openmpi生效。
9. 安装并行版本的Amber11cd /home/soft/amber11/AmberTools/src./configure –mpi intelcd /home/soft/amber11./AT15_Amber11.pycd srcmake cleanmake parallel#测试方法：cd /home/soft/amber11/testmake test.parallel
10. 重新单独安装openmpi #安装目录： /home/soft/openmpi#将之前安装在ambertools目录中的openmpi环境变量屏蔽掉重新安装，并添加.bashrc# openmpiexport MPI_HOME=/home/soft/openmpiexport PATH=/home/soft/openmpi/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/home/soft/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH#这一步不是必须的，只是为了以后再安装别的并行软件如gromacs时方便
11. Copy /boot/.bashrc to your own .bashrc# 以上安装是在root下进行的，也可以在普通用户下进行安装#最终的普通用户下的.bashrc 文件：# /home/yuanxh/.bashrc#___________________________________________________________# intel iccsource /home/soft/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64export MKL_HOME=/home/soft/intel/mkl#________________________________________________________________# amber11export AMBERHOME=/home/soft/amber11export PATH=$PATH:/home/soft/amber11/binexport DO_PARALLEL=”mpirun -np 4″#________________________________________________________________# openmpiexport MPI_HOME=/home/soft/openmpiexport PATH=/home/soft/openmpi/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/home/soft/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH#________________________________________________________________# fftwexport CPPFLAGS=-I/opt/fftw3/includeexport LDFLAGS=-L/opt/fftw3/libexport FFTW_LOCATION=/opt/fftw3export FFTW3F_LIBRARIES=/opt/fftw3/libexport FFTW3F_ROOT_DIR=/opt/fftw3export FFTW3F_INCLUDE_DIR=/opt/fftw3/include#________________________________________________________________# Gromacs-4.5.5export PATH=$PATH:/home/soft/gmx/binexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/soft/gmx/lib#________________________________________________________________# VMDexport PATH=$PATH:/home/soft/vmd/binexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/soft/vmd/lib#________________________________________________________________
12.注意事项与其他说明
忘掉失败，不过要牢记失败中的教训。
