华为P40采用的不是鸿蒙系统，它搭载的是EMUI 10.1系统，在动效方面更加自然直观；全新支持智慧分屏功能，可以唤出侧边栏进行应用调配，管理分屏和多任务处理应用；同时将在更多国家推出华为智能语音助手Celia，支持通过Hey Celia来唤醒；新系统内置智联通话功能，支持1080P全高清视频通话和远程屏幕显示功能。
在系统层级，华为P40系列搭载华为终端云服务HMS，支持170多个国家和地区，每月有4亿活跃用户，全球有130万个开发者，HMS通过提供系列的服务、应用来满足不同地区用户。该系列机型也搭载华为应用市场、华为视频和华为音乐应用，通过与全球开发者、版权公司合作提供内容。
