华为P9搭载基于Android6.0开发的EMUI4.1系统界面，相比上个版本主要的变化在于采用全新的文件管理系统，据称能够更好的管理手机在使用时所产生的碎片，截断碎片拖慢系统的通道，以此来保证系统持续快速的响应。但考虑到安卓手机要用挺长一段时间才会感觉到卡顿，所以该优化的效果如何尚需时间验证。
EMUI4.1系统界面的功能还是很完善的，从各种手势到安全管理，该有的都有，EMUI4.1比较好的地方是支持学生模式，开启后家长可以控制学习玩手机的时间、打开的应用以及能浏览的网页等等，帮助学生不会过早接触到网络暴力、色情等不良信息。
