魅蓝Note3搭载的是基于Android5.1深度定制的Flyme5版本系统，目前具体版本为Flyme5.1.3。该版本应用依然是扁平化的风格，图标以矩形或圆形为主，没有明显暗影，文件夹为半透明状，整体给人感觉很清爽。
搭载的Flyme5系统界面优势在于整体UI色调十分清爽，颜色的组成更多，更加适合青年人群的审美。官方绘制的第三方APP图标几乎覆盖了大多常用软件。扁平化的图标和UI设计给使用者一种轻松愉悦的操作体验。由于魅族正在积极的向海外扩展市场，因此从Flyeme 5.0中，我们就看到了许多原生Andriod的影子。例如，卡片式的多任务菜单、一体化风格的设置界面等等。
