魅族MX5自然是搭载自家的Flyme OS，为最新的基于Android 5.0的Flyme 4.5。在MX5发布会上，魅族表示Flyme 4.5并不是带来最多的新功能，但是最稳定、最流畅与最盛典的Flyme OS。魅族对Flyme OS进行了大量的细节调整，在功耗、流畅性与稳定上有了更好的表现，这些都能够在实际体验中明显的感受到。
在服务于内容整合方面，Flyme OS更为倾向与整合到自家应用中，提供更为一体式与一站式服务。如在Flyme音乐中提供会员功能，可以进行无损音乐下载，以及根据各种条件选择相应风格。在这一次的Flyme 4.5上，还整合优酷与土豆的视频内容，提供无广告体验，大大的充实资源与使用体验。这一做法自然在应用在游戏中心、应用中心与阅读上。
