华为畅享5S采用了最新的EMUI 3.1操作系统，与之前华为P8该机系统相同。该版本最大的提升就是将Android版本升级到了5.1，其次就是智能省电、手势操作等小功能的加入，大的变化并不多。与之前的3.0版本相比，3.1版本给人的直观感觉就是更具科技感和时尚感。
该机的系统图标采用统一的大弧度圆角矩形，所有的图标都采用了相同的设计风格，据悉目前已经适配了市面上大多数常用软件，界面整体性很强。而下拉界面和系统界面方面，EMUI 3.1则更多的采用了线条等扁平化元素作为装饰。通知栏加入了时间轴的功能，而快捷开关方面也依旧维持了简洁易用的风格。
