linux系统高斯输入命令

linux系统高斯输入命令详细介绍

在 Linux 系统中使用高斯软件（Gaussian，如 Gaussian 09、Gaussian 16 等）进行计算时，核心操作包括创建输入文件和提交计算任务。以下是详细步骤和常用命令：

一、高斯输入文件（
.com 或
.gjf）的结构

高斯输入文件是纯文本文件，包含计算所需的所有参数，典型结构如下：
plaintext

%nproc=4           ; 处理器数量（并行计算）

%mem=4GB ; 内存分配
%chk=job.chk ; 检查点文件（可选）
#P B3LYP/6-31G(d) opt freq ; 计算任务（#P表示打印所有中间结果）

标题行（任意描述）

0 1 ; 电荷 自旋多重度（0为中性分子，1为单重态）
C 0.0000 0.0000 0.0000 ; 分子坐标（笛卡尔坐标或Z矩阵）
H 1.0000 0.0000 0.0000
H -0.5000 0.8660 0.0000
H -0.5000 -0.8660 0.0000

二、创建输入文件

使用 Linux 文本编辑器创建输入文件（例如 input.com）：
bash

 input.com      用  编辑器（适合新手）

 input.com 用 编辑器（高效，需熟悉基本命令）
gedit input.com 用图形化编辑器（需桌面环境）

三、提交高斯计算任务

1. 基本命令格式

bash

gaussian_version input_file  output.log 

• gaussian_version：高斯版本对应的执行命令，如 g09（Gaussian 09）、g16（Gaussian 16）。
• input_file：输入文件名（如 input.com）。
• > output.log：将输出重定向到日志文件（可选，默认输出到终端）。
• &：使任务在后台运行（可选，避免终端关闭中断任务）。

2. 示例（以 Gaussian 16 为例）

bash

g16 input.com  output.log 

3. 注意事项

• 环境变量配置：首次使用前需确保高斯环境变量已正确设置（通常通过安装时生成的脚本加载）：bash

   /path/to/gaussian/g16/bsd/g16.profile   示例路径，需根据实际安装路径调整
  
  

• 并行计算：输入文件中通过 %nproc=X 指定处理器核心数，无需在命令行额外设置。
• 内存设置：输入文件中通过 %mem=X 指定内存（如 %mem=8GB）。

四、常用操作命令

1. 查看任务状态（后台任务）

bash

           查看当前用户的后台任务

 %1 将编号为 的后台任务切换到前台（终止用 Ctrl+C）
 %1 终止编号为 的后台任务

2. 检查输出文件

bash

 output.log      查看完整输出

 output.log 检查是否正常结束（出现此句表示成功）
 output.log 分页查看输出（支持搜索，输入 /关键词）

3. 处理检查点文件（
.chk）

• 转换为可读格式：bash

  formchk job.chk    生成 job.fch 文件（可用于可视化结构）
  
  

• 从检查点文件恢复计算（输入文件中需添加 %chk=job.chk）：
  在新输入文件中添加 #restart 任务关键词。

五、常见错误排查

1. 命令未找到（如 bash: g16: command not found）：
   • 确认高斯已正确安装，且环境变量（如 GAUSS_EXEDIR）已配置。
   • 手动加载高斯环境脚本：bash

      /path/to/gaussian/g16/bsd/g16.profile
     
     

2. 输入文件格式错误：
   • 检查输入文件是否有语法错误（如缺少空行、坐标格式错误）。
   • 高斯会在输出中提示具体错误位置（搜索 Error 关键词）。

3. 许可证问题：
   • 确保许可证服务器正常运行，且主机名 / IP 正确配置（联系管理员）。

六、高斯输入文件关键词示例

通过以上步骤，你可以在 Linux 系统中高效地创建和提交高斯计算任务。如需更详细的关键词说明，可参考高斯官方手册或在线文档。