linux中blast如何建库

linux中blast如何建库详细介绍

在 Linux 系统里，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是开展序列比对常用的工具，下面是使用 BLAST 构建数据库的详细步骤：

1. 安装 BLAST

你可以通过包管理器或者从 NCBI 官网下载 BLAST 工具包。以 Ubuntu 系统为例，使用如下命令安装：
bash

  update

 ncbi-blast+

2. 准备序列文件

你要准备好用于构建数据库的序列文件，该文件可以是 FASTA 格式。FASTA 格式的文件以 > 开头，后面跟着序列的标识符，接着是序列内容。例如：
plaintext

>sequence1

ATGCATGCATGC
>sequence2
GCTAGCTAGCTA

3. 构建数据库

依据序列类型（核酸或者蛋白质），使用不同的命令来构建数据库。

构建核酸数据库

若你的序列是核酸序列（DNA 或者 RNA），可以使用 makeblastdb 命令，示例如下：
bash

makeblastdb  your_nucleotide_sequences.fasta  nucl  your_nucleotide_database

• -in：指定输入的 FASTA 格式序列文件。
• -dbtype：指定数据库类型，nucl 代表核酸数据库。
• -out：指定输出的数据库名称。

构建蛋白质数据库

若你的序列是蛋白质序列，同样使用 makeblastdb 命令，示例如下：
bash

makeblastdb  your_protein_sequences.fasta  prot  your_protein_database

• -in：指定输入的 FASTA 格式序列文件。
• -dbtype：指定数据库类型，prot 代表蛋白质数据库。
• -out：指定输出的数据库名称。

4. 验证数据库构建

构建完成后，你可以使用 blastdbcmd 命令来验证数据库是否构建成功，示例如下：
bash

blastdbcmd  your_nucleotide_database 

912blastdbcmd your_nucleotide_database

此命令会输出数据库的相关信息，若能正常输出信息，就表明数据库构建成功。

综上所述，构建 BLAST 数据库的关键步骤就是准备好序列文件，然后依据序列类型使用 makeblastdb 命令构建数据库，最后用 blastdbcmd 命令验证。