Linux如何运行gaussian
Linux如何运行gaussian详细介绍
在 Linux 系统上运行 Gaussian 软件，你可以按照以下步骤进行操作：
1. 安装 Gaussian
- 确认授权：Gaussian 是商业软件，你需要有合法的许可证。
- 安装软件：从 Gaussian 官方获取安装包，通常是一个压缩文件。将其解压到你希望安装的目录，例如
/opt/gaussian。解压后，根据官方文档的指引进行配置。 - 设置环境变量：编辑你的
~/.bashrc或~/.bash_profile文件，添加如下内容（假设安装目录是/opt/gaussian）：
bash
/opt/opt/gaussian/g09
然后执行source ~/.bashrc或者source ~/.bash_profile使配置生效。
2. 准备输入文件
创建一个 Gaussian 输入文件，通常以.gjf或者.com为扩展名。以下是一个简单的例子，用于计算水分子的能量：
plaintext
%chk=water.chk# hf/6-31g opt
Title Card Required
0 1
O
H 1 0.96
H 1 0.96 2 104.5
在这个文件里：
%chk=water.chk：指定检查点文件的名称。# hf/6-31g opt：表明使用 Hartree - Fock 方法和 6 - 31G 基组进行结构优化。0 1：表示分子的电荷和多重度。- 后续部分是分子的几何结构信息。
3. 运行 Gaussian 作业
在终端里，使用如下命令运行 Gaussian 作业：
bash
g09 input.gjf output.log
这里的input.gjf是你的输入文件，output.log是输出文件。运行命令之后，Gaussian 会开始处理作业，并且将结果输出到output.log文件中。
4. 监控作业进度
你可以使用tail -f output.log命令实时查看输出文件，以此监控作业的进度。
5. 分析结果
作业完成后，你可以查看output.log文件来获取计算结果，也可以使用 GaussView 等工具来可视化检查点文件（.chk）。
注意事项
- 资源管理：Gaussian 计算可能会消耗大量的系统资源，你可以根据实际情况调整内存和 CPU 核心的使用。在输入文件中添加类似
%mem=4GB和%nprocshared=4的指令来分别设置内存和使用的 CPU 核心数。 - 作业调度：若你在集群环境中运行 Gaussian，需要使用作业调度系统（如 SLURM、PBS 等）来提交作业。