fasta序列长度低的过滤命令linux

fasta序列长度低的过滤命令linux详细介绍

以下是用于过滤 FASTA 序列中长度低于指定阈值的 Linux 命令及脚本，使用awk实现：

V1

使用说明：

1. 保存脚本：将上述代码保存为filter_fasta_by_length.awk，并赋予执行权限：
   bash

    +x filter_fasta_by_length.awk
   
   

2. 执行过滤：
   bash

       filter_fasta_by_length.awk input.fasta  output.fasta
   
   

   • -v min_len=100：设定最小保留长度（示例为 100bp，可根据需求修改）
   • input.fasta：输入的 FASTA 文件路径
   • output.fasta：输出的过滤后文件路径

脚本逻辑说明：

• 逐行读取 FASTA 文件，遇到>开头的行时视为新序列的开始，先处理上一个已缓存的序列（计算长度并判断是否保留）。
• 非>行时，自动合并同一序列的多行（FASTA 序列可能跨多行存储）。
• 最后处理文件末尾未闭合的序列（避免遗漏最后一个序列）。
• 若未指定min_len参数，脚本会报错并退出。